Diverzita a strukturní variabilita genomů terestrických sinic
Zajímá vás evoluce mikroorganismů, genomika a adaptace organismů na extrémní prostředí? Přidejte se k našemu výzkumnému týmu doc. Mgr. Peatr Dvořáka, Ph.D. a podílejte se na studiu genomové diverzity terestrických sinic pomocí moderních sekvenačních a bioinformatických přístupů.
Porozumění genomovým mechanismům, které řídí adaptaci a diverzifikaci mikroorganismů v extrémních prostředích, představuje jednu ze základních výzev evoluční biologie. Tato disertační práce se zaměří na studium genomové diverzity a strukturní variability u terestrických sinic, se zvláštním důrazem na vláknitý rod Microcoleus, ekologicky významnou sinici tvořící půdní krusty v teplých i chladných suchých oblastech.
Výzkum bude zahrnovat rozsáhlý odběr vzorků s cílem vytvořit kolekci uniálních kmenů z různých geografických oblastí, zejména z horkých a chladných pouští. Získané kmeny budou sekvenovány pomocí moderních genomických technologií Illumina a Oxford Nanopore. Následná analýza se zaměří na identifikaci a charakterizaci strukturních variací v genomech jednotlivých populací a na jejich vztah k environmentálním gradientům. Součástí práce bude také analýza architektury pangenomu a využití fylogenomických přístupů k rekonstrukci populační struktury a evolučních vztahů mezi studovanými kmeny.
Výsledky projektu přispějí k hlubšímu pochopení vlivu environmentálních faktorů, jako jsou teplota, UV záření či srážky, na genomovou diverzitu sinic a pomohou objasnit, jak environmentální tlak formuje strukturu genomu prokaryot.
Pracoviště: Laboratoř evoluce sinic (Cyanobacterial Evolution Research Lab), Katedra botaniky, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého v Olomouci. Laboratoř se zaměřuje na evoluci a taxonomii sinic a řas a spolupracuje s řadou zahraničních institucí v Evropě i USA, například: University of North Florida (USA), University of Florida (USA), Stockholm University (Švédsko) a Natural History Museum London (Velká Británie).
Školitel: doc. Mgr. Petr Dvořák, Ph.D., Katedra botaniky, Univerzita Palackého v Olomouci
Konzultant: Mgr. Svatopluk Skoupý, Ph.D., Katedra botaniky, Univerzita Palackého v Olomouci
V případě zájmu kontaktujte:
tel: 585 634 080, email: p.dvorak@upol.cz
https://www.prf.upol.cz/bot/
https://sites.google.com/view/cyanopal/
Začátek projektu: září 2026