V rámci naší proteomické skupiny se věnujeme vývoji, optimalizaci a validaci širokého spektra proteomických metod pro cílenou a necílenou kvalitativní a kvantitativní analýzu peptidů a proteinů v komplexních biologických matricích. Rutinně nabízíme identifikaci a kvantifikaci peptidů a proteinů ve vzorcích pocházejících z různých rostlinných materiálů v rámci široké spolupráce s dalšími pracovními skupinami z oblastí botaniky, rostlinné fyziologie a biochemie. Náš výzkum zahrnuje vývoj a aplikaci metod afinitní chromatografie zaměřených na imobilizaci nízkomolekulárních analytů z oblasti rostlinných hormonů. Tyto připravené afinitní nosiče využíváme k obohacení, identifikaci a charakterizaci potencionálně interagujících proteinů pomocí moderních chromatografických a hmotnostně-spektrometrických přístupů. Dále se věnujeme kvalitativní a kvantitativní analýze proteomů a subproteomů na úrovni celých organismů, skupin buněk a jednotlivých tříděných organel (např. chloroplasty, mitochondrie aj.). Analýzy provádíme pomocí moderní instrumentace založené na kapilární kapalinové chromatografii ve spojení s tandemovým hmotnostním spektrometrem vybaveným iontovou mobilitou (Tims TOF Pro2). Získaná data následně vyhodnocujeme pokročilými bionformatickými nástroji pro komplexní kvalitativní a kvantitativní analýzu. Ke zpracování dat používáme software MaxQuant, k analýze a vizualizaci Perseus, R-software, a Simca. K interpretaci dat využíváme celou řadu dostupných nástrojů a databází jako Uniprot, String, DAVID a podobně.
Vedoucí výzkumného programu:
Další členové:
- Ivo Chamrád
- Jaroslava Friedecká
- Hana Svobodová
- Radim Simerský (Oddělení chemické biologie)