Projekt je zaměřen na výzkum v oblasti nejmodernějších omických technologií a propojení specifických metodických přístupů (genomiky, transkriptomiky, proteomiky, metabolomiky a hormonomiky) se zaměřením na rozvoj diagnostických aplikací v oblasti lékařských věd a medicínské klinické praxe.
CZ.02.01.01/00/23_021/0009224
Doba řešení: 1. 4. 2025 – 31.12.2028
Rozpočet: 68 750 000 Kč
Hlavní řešitel / nositel: Univerzita Palackého v Olomouci (včetně zapojení klinických partnerů jako Fakultní nemocnice Olomouc a Laboratoře AGEL a.s.)
Program / rámec: Operační program Jan Amos Komenský (OP JAK) v rámci strategie ITI Olomoucké aglomerace
Smyslem projektu je společně zkoumat nejmodernější omické technologie – genomiku, transkriptomiku, proteomiku, metabolomiku a hormonomiku. Cílem je vyvinout nové diagnostické postupy a přenést je přímo do klinické praxe.
Výzkumný záměr: NOVÉ OMICKÉ TECHNOLOGIE
Dílčí úkol 1. Sekvenační a RNA-seq technologie, celogenomové sekvenování
Zavádění a rozvoj sekvenačních technologií pro zdravotnické a biotechnologické účely (zejména transkriptomika, RNA-seq technologie a celogenomové sekvenování pro analýzy pacientských vzorků) a robustní datové a bioinformatické nástroje vhodné pro vysokokapacitní analýzu (např. celogenomových dat a vyhodnocování genetických variant SNP v rámci navržených genetických asociačních studií).
-
Cíl 1.1. Genetické a epigenetické aberace B-buněčných malignit
-
Cíl 1.2. Identifikace genetických a epigenetických faktorů podílejících se na tvorbě Gd-IgA1 v reakci na zánětlivé signályEva Kriegová, Milan Raška
-
Cíl 1.3. Charakterizace genomových změn u monogenních,oligogenních a polygenních neurodegenerativních genetických onemocněníRadek Vodička, Ondřej Plíhal
-
Cíl 1.4. Genomická analýza pro odhalení patogenních změn v DNA zejména u pacientů s kardiopatiemi a ciliopatiemi, u kterých nebyla detekována jednoznačná genetická příčina onemocnění za použití standardních NGS panelových vyšetření.
-
Cíl 1.5. Segregační analýza ve vybraných rodinách probandů, kde byly nalezeny patogenní/pravděpodobně patogenní varianty a varianty nejasného významu, reklasifikované varianty, event. hypomorfní/modifikující polymorfizmy v jednom genu nebo ve více souvisejících genech.Tomáš Gucký, Jana Petřková
Dílčí úkol 2. Vývoj standardních proteomických postupů
Zavedení a vývoj standardních proteomických postupů při analýze vzorků neurodegenerativních onemocnění v klinické laboratoři
- Cíl 2.1. Komplexní necílená proteomická analýza vzorků neurodegenerativních onemocnění
- Cíl 2.2. Vývoj cílených proteomických postupů pro kvantifikaci vybrané skupiny proteinových markerů pro neurodegenerativní onemocnění
- Cíl 2.3. Aplikace zavedených proteomických postupů na další typy onemocnění a vzorků.
René Lenobel , Jaroslava Friedecká
Dílčí úkol č. 3: Cílená i necílená metabolomika a lipidomika
Aplikace cílených i necílených metabolomických a lipidomických přístupů pro analýzy profilů vzorků pacientů
- Cíl 3.1. Vývoj nových cílených metod metabolomiky a lipidomiky
- Cíl 3.2. Aplikace necílených přístupů metabolomiky a lipidomiky v klinice
- Cíl 3.3. Studium využití pokročilé techniky hmotnostně spektrometrické zobrazování pro klinické aplikace
David Friedecký, Radana Brumarová
Dílčí úkol 4. Vývoj standardních proteomických postupů
Vývoj hormonomických technologií použitelných v lékařských biotechnologiích a medicíně, zejména pro stanovení hormonů, signálních a regulačních látek
- Cíl 4.1. Cílené profilování vybraných oxysterolů v lidské plazmě
- Cíl 4.2. Vývoj metody cíleného profilování vybrané skupiny katecholaminů a jejich derivátů
- Cíl 4.3. Optimalizace metody cíleného profilování neuroaktivních steroidů v krevním séru
Jana Oklešťková, Michal Kaleta
Dílčí úkol č. 5: Komplexní omické workflow
Propojení výše uvedených individuálních omických přístupů do komplexního omického workflow za využití pokročilých bioinformatických nástrojů
- Cíl 5.1. Vývoj multiomického přístupu pro klinické aplikace
- Cíl 5.2. Klinické aplikace multiomického přístupu
- Cíl 5.3. Vývoj nových statistických nástrojů pro omics
Wolfram Weckwerth, David Friedecký , Ivan Petřík
Prohloubení spolupráce mezi výzkumnými organizacemi a aplikační sférou
- Business Development Manager: Miroslav Strnad
- Technology Transfer Manager: Libor Hájek
- Datasteward: Pavel Hladík
Aktivita 1: Realizace spolupráce v rámci projektového partnerství
- Zřízení online komunikačního prostředí
- Zřízení webového prostředí
- Pravidelné pracovní schůzky týmu
- Výměna pracovníků
Aktivita 2: Navazování a rozvoj spolupráce se subjekty s aplikační sférou
- Organizace tematických workshopů
- Návštěvy v regionálních firmách
- Realizace ochrany duševního vlastnictví a transferu technologií
- Dlouhodobější vzájemná spolupráce mezi VO a firemním sektorem
Aktivita 3: Navazování a rozvoj mezinárodní nové spolupráce mezi výzkumnými týmy a aplikační sférou
- Zvýšení počtu účastí realizovaných v programech mezinárodní spolupráce
- Rozvinutí strategických spoluprací a partnerství
- Zvýšení publikační aktivity se zapojením zahraničních pracovišť
- Posílení přednáškové činnosti a vzdělávání
- Posílení zahraničních aktivit týmu a stáží
- Zapojení členů týmu do mezinárodních organizací
- Organizace mezinárodních meetingů
Aktivita 1: Realizace spolupráce v rámci projektového partnerství
- Zřízení online komunikačního prostředí
- Zřízení webového prostředí
- Pravidelné pracovní schůzky týmu
- Výměna pracovníků
Aktivita 2: Navazování a rozvoj spolupráce se subjekty s aplikační sférou
- Organizace tematických workshopů
- Návštěvy v regionálních firmách
- Realizace ochrany duševního vlastnictví a transferu technologií
- Dlouhodobější vzájemná spolupráce mezi VO a firemním sektorem
Principy otevřené vědy
- Snadnější sdílení poznatků by mělo mimo jiné zrychlit a zefektivnit výzkum, zlepšit jeho reprodukovatelnost, podpořit širokou spolupráci a zrychlit zavádění inovací do praxe.
- Základními prvky otevřené vědy jsou otevřený přístup k vědeckým článkům a dalším publikacím (Open Access) a otevřená data z výzkumu (Open Data).
Dokumenty:
Open Science na Univerzitě Palackého v Olomouci
Otevřené vědecké postupy v rámci OP JAK
Strategický záměr UP na období 2021+
Smlouvy Read & Publish – možnost publikovat v open access bez APC či se slevou
