Náš výzkum je zaměřen na vývoj a optimalizaci metod ultraúčinné kapalinové chromatografie s hmotnostně spektrometrickou detekcí (UHPLC-MS/MS) pro studium auxinů a dalších indolových sloučenin v biologických vzorcích. Velký důraz je kladen na vývoj efektivních technik přípravy vzorku, jako je extrakce na pevné fázi (SPE, konvenční i její miniaturizovaná „in-tip“ verze) a/nebo imunoafinitní extrakce (na bázi polyklonálních i monoklonálních protilátek). Kombinace výše uvedených metod umožňuje analýzu auxinového metabolomu v nejrůznějších komplexních rostlinných matricích. Miniaturizace izolačního protokolu, značná specificita imunoafinitní purifikace a vysoká citlivost pokročilého přístrojového vybavení umožňuje stanovení auxinu a jeho derivátů v tak nepatrných vzorcích, jako jsou např. pouhé desítky kořenových špiček semenáčků Arabidopsis thaliana. Hojně je také využívána metoda in vivo značení, která ve spojení s hmotnostní spektrometrií představuje důležitý nástroj pro studium metabolických drah auxinů. V poslední době se skupina věnuje mapování distribuce auxinů v rostlinné buňce a studiu auxinové intracelulární homeostázy. Proto je věnováno značné úsilí vývoji protokolů pro buněčnou frakcionaci a izolaci buněčných kompartmentů.
Vedoucí výzkumného programu:
Aleš Pěnčík
Další členové:
- Pavel Hladík
- Ludmila Včelařová
- Hana Bendová
- Andrea Novotná